Την ίδια στιγμή που η Αγία Σοφία έκλεισε για τους επισκέπτες και οι τουρκικές αρχές πραγματοποίησαν επιθεωρήσεις, η Ανώτατη Θρησκευτική Επιτροπή της Τουρκίας εξέδωσε οδηγίες για τον τρόπο με τον οποίοι θα καλυφθούν οι αγιογραφίες και πώς θα είναι προσβάσιμο το τζαμί σε ώρες εκτός προσευχής.

Η επιτροπή ζητά οι αγιογραφίες να είναι καλυμμένες και πιο σκοτεινές κατά τη διάρκεια της προσευχής των μουσουλμάνων «με τα κατάλληλα μέσα».

Αναφέρει ακόμα ότι «δεν υπάρχει κάποιο θρησκευτικό εμπόδιο» στο να είναι προσβάσιμο το «τζαμί» σε ώρες εκτός προσευχής καθώς και ότι «η ύπαρξη των αγιογραφιών δεν αποτελεί κίνδυνο για την κανονικότητα των προσευχών που θα διεξαχθούν στην Αγία Σοφία».

Εντός του ναού αναμένεται να τοποθετηθεί χαλί 14 χιλιάδων τ.μ. όπου θα προσεύχονται οι πιστοί, ενώ όλο το 24ωρο θα ακούγονται στίχοι από το κοράνι. Σύμβολα, που δεν πρέπει να βρίσκονται εντός της Αγίας Σοφίας, επειδή δεν θα συνάδουν με τη λειτουργία της ως τζαμί, θα μεταφερθούν και θα εκτεθούν αλλού, ενώ τα ψηφιδωτά θα μπορούν να τα βλέπουν συγκεκριμένες ώρες οι τουρίστες, οι οποίοι θα μπαίνουν ελεύθερα, χωρίς εισιτήριο.

Επίσης, προβλέπεται να οριοθετηθούν οι διαδρομές που θα μπορούν να ακολουθήσουν οι επισκέπτες, ώστε να μην μπορούν να πλησιάζουν το σημείο που θα γίνεται η μουσουλμανική προσευχή, ενώ όλοι υποχρεωτικά θα βγάζουν τα παπούτσια τους πριν εισέλθουν στον ναό.

Σύμφωνα με τα τουρκικά ΜΜΕ, στόχος των αξιωματούχων είναι να ελαχιστοποιήσουν τις παρεμβάσεις εντός του μνημείου για να μην υπάρχουν έντονες διεθνείς αντιδράσεις.

Σύμφωνα με πληροφορίες έχουν ήδη διοριστεί δύο ιμάμηδες και τέσσερις μουεζίνηδες, προκειμένου οι προσευχές να γίνονται όπως σε όλα τα τζαμιά, δηλαδή πέντε φορές την ημέρα.