Η κόρη του Μαργαρίτα θα λαμβάνει το 30% των εισπράξεων από το έργο του, αν και δεν θα έχει άλλα δικαιώματα πέρα από αυτό, όρισε ο Μίκης Θεοδωράκης στη διαθήκη του, στην οποία αναφέρεται και στην τύχη των κατοικιών του στην Αθήνα και το Βραχάτι Κορινθίας.
Όπως προβλέπεται ακόμη, η κόρη του μουσικοσυνθέτη δεν μπορεί να εκποιήσει τα περιουσιακά στοιχεία ή να τα διαθέσει αλλού.
Διαχειρίστρια της διαθήκης, όπως ορίστηκε από τον Μίκη Θεοδωράκη, είναι η προσωπική του γραμματέας από το 1989, Ειρήνη Παρμενίδου.
Για την κατοικία του κάτω από την Ακρόπολη, στην οποία έζησε τα τελευταία χρόνια της ζωής του, ο Μίκης Θεοδωράκης ζητεί να γίνει μουσείο. Αναγνωρίζει ότι το σπίτι δεν του ανήκει νομικά (διότι έχει περάσει στην κόρη του και τον μεγαλύτερο εγγονό του και τη σύζυγό του), αλλά αναφέρει ότι η επιθυμία του αυτή πηγάζει από το γεγονός ότι ο χώρος είναι άρρηκτα συνδεδεμένος με τη ζωή και το έργο του.
Ανάμεσα στα καθήκοντα της γραμματέως του θα είναι η παράδοση του αρχείου του στη Μεγάλη Μουσική Βιβλιοθήκη της Ελλάδας Λίλιαν Βουδούρη που στεγάζεται στο Μέγαρο Μουσικής. Προσθέτει ότι όλα τα προσωπικά του αντικείμενα πρέπει να παραδοθούν στη Μουσική Βιβλιοθήκη Λίλιαν Βουδούρη και να επιστρέψουν στο σπίτι του μόνο σε περίπτωση που αυτό καταστεί εφικτό να γίνει μουσείο με ευθύνη του Δημοσίου.
Ανάλογη είναι και η σχετική επισήμανση που κάνει για την οικία στο Βραχάτι Κορινθίας καθώς απαγορεύει ρητά να πωληθεί.
Τέλος, καταγράφει την επιθυμία του να ταφεί στον Γαλατά Χανίων, δίπλα στους γονείς και τα αδέλφια του, η οποία έγινε σεβαστή. Αν το επιθυμεί η σύζυγός του Μυρτώ, θα ήθελε να ταφεί και αυτή δίπλα του, όταν αποβιώσει.
Ειδικότερα, για την Μαργαρίτα γράφει:
«Στην αγαπημένη μου κόρη Μαργαρίτα – Ασπασία Θεοδωράκη υπενθυμίζω όσα ήδη επί δεκαετίες της παρείχα εν ζωή, σε χρήματα και ακίνητα, όπως (ενδεικτικά) για την κάλυψη του συνόλου των εξόδων των επαγγελματικών της πρωτοβουλιών και δραστηριοτήτων, για τη διαβίωση της ίδιας και της οικογένειάς της, τον εξοπλισμό και τη συντήρηση των σπιτιών και των γραφείων της, για την ανατροφή, την εκπαίδευση και την οικονομική ενίσχυση των αγαπημένων τεσσάρων εγγονών μου και υιών της, για την απόκτηση όλων των ακινήτων και λοιπών περιουσιακών στοιχείων, που κατά καιρούς περιήλθαν στο όνομά της είτε απ’ ευθείας από εμένα είτε με δικά μου εξ ολοκλήρου χρήματα, καθώς και το μεγάλο ποσοστό από τις απολαβές από την εκμετάλλευση του έργου μου, που εισέπραττε επί πολλά έτη και εξακολουθεί να εισπράττει όσο ζω. Όλες αυτές οι εν ζωή παροχές καταλογίζονται σύμφωνα με το νόμο στη νόμιμη μοίρα της.
» Με τη διαθήκη μου αυτή και υπό την αυτονόητη προϋπόθεση ότι δεν θα λαμβάνει καμία άλλη απολαβή από την περιουσία μου, είτε άμεσα είτε έμμεσα, την καθιστώ άμεσο κληροδόχο σε ποσοστό τριάντα τοις εκατό (30%) εξ αδιαιρέτου επί των εισπράξεων και των εν γένει οικονομικών ωφελημάτων που δικαιούμαι ως δημιουργός και που απορρέουν από την κάθε είδους εκμετάλλευση του έργου μου στην Ελλάδα και σε όλο τον κόσμο, για όσα χρόνια αυτή ζει, επαναλαμβάνοντας και εδώ την αφαίρεση κάθε άλλου ποσοστού, […]
» Το παραπάνω ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) της το κληροδοτώ χωρίς δικαίωμα εκ μέρους της εκποίησης ή διάθεσής του, είτε εν ζωή είτε μετά θάνατο, ώστε μετά τον θάνατό της ή εάν τυχόν αποποιηθεί ή περιέλθει σε νομική αδυναμία αυτοπρόσωπης επιμέλειας της περιουσίας της, το κληροδοτηθέν ποσοστό αυτό να περιέλθει αυτοδικαίως και κατ’ ισομοιρία, ήταν από ποσοστό επτάμιση τοις εκατό (7,5%) στον καθένα από τους τέσσερις υιούς της Μίκη Θεοδωράκη – Παπαγγελίδη, Άγγελο Θεοδωράκη – Παπαγγελίδη, Στέφανο Θεοδωράκη – Παπαγγελίδη και Αλέξανδρο Θεοδωράκη – Παπαγγελίδη, τους οποίους και παρακαλώ να φροντίζουν τη μητέρα τους όσο ζει και να της διασφαλίσουν άνετη και αξιοπρεπή διαβίωση, εάν εκείνη το έχει ποτέ ανάγκη».
Για το σπίτι του στην Ακρόπολη γράφει:
«Στο σπίτι αυτό γράφτηκαν πάρα πολλά από τα σπουδαιότερα έργα μου. Από εδώ πέρασαν πάρα πολλοί σπουδαίοι Έλληνες και ξένοι καλλιτέχνες και πολιτικοί. Επί πλέον, το σπίτι αυτό είναι η τελευταία μου κατοικία, στην οποία περνώ με τη σύζυγό μου τα τελευταία και πιο δύσκολα χρόνια μου, με συντροφιά τα αδέσποτα της Ακρόπολης και του Φιλοπάππου, που βρήκαν κι αυτά εδώ ένα καταφύγιο γεμάτο ζεστασιά και αγάπη.
» Θα ήθελα το σπίτι αυτό να διατηρηθεί και να λειτουργήσει ως Μουσείο με όποιον τρόπο κρίνει πρόσφορο το δημόσιο, με ευθύνη είτε του υπ. Πολιτισμού είτε κάποιου άλλου αξιόπιστου φορέα που το Δημόσιο θα αποφασίσει και πάντως όχι των ιδιοκτητών. Πιστεύω ότι η θέση του κάτω από την Ακρόπολη είναι ιδανική για το σκοπό αυτό».
» Επειδή δεν μου ανήκει νομικά, θα ήθελα να εκφράσω την επιθυμία μου αυτή με την ελπίδα ότι η σύζυγός μου, η θυγατέρα μου και ο μεγαλύτερος εγγονός μου, στους οποίους ανήκει, θα τη σεβαστούν. Πολύ περισσότερο εφ’ όσον γνωρίζουν πολύ καλά ότι στην πραγματικότητα και το σπίτι αυτό όπως και όλα τα υπόλοιπα έχει αγοραστεί με χρήματα που προήλθαν αποκλειστικά από τη δική μου εργασία και τα πνευματικά μου δικαιώματα».
Για το σπίτι στο Βραχάτι, γράφει:
«Το σπίτι μου στο Βραχάτι (Κοκκώνι) Κορινθίας επρόκειτο να απαλλοτριωθεί από τη Νομαρχία Κορινθίας για να γίνει Μουσείο, η σχετική διαδικασία όμως σταμάτησε μετά από δική μου παράκληση προς τους αρμόδιους, κατόπιν επιμονής της θυγατέρας μου Μαργαρίτας – Ασπασίας Θεοδωράκη, η οποία διαβεβαίωσε ότι το σπίτι αυτό θα παραμείνει στα παιδιά της και δεν θα πωληθεί σε καμμία περίπτωση. Αν όμως στο μέλλον υπάρξει περίπτωση να μεταβιβασθεί σε οποιοδήποτε άλλο πρόσωπο εκτός από την ίδια, τον αδελφό της Γεώργιο και τα πέντε εγγόνια μου, τότε θα επιθυμούσα να γίνει τελικά η απαλλοτρίωση από όποιον φορέα του Δημοσίου, με αποκλειστικό σκοπό βεβαίως τη δημιουργία Μουσείου, γιατί πρόκειται για χώρο άρρηκτα συνδεδεμένο με τη ζωή και το έργο μου».